ЗГХЭГ-аас яамдад хийсэн шалгалтын үеэр БСШУСЯ-ны хэд хэдэн албан тушаалд үүрэг гүйцэтгэгч нар ажиллаж буй зөрчил илэрсэн байна. Учир нь, тус яамны Төрийн нарийн бичгийн даргын томилгооны асуудал жил гаруй хугацаанд шүүхийн шатанд маргаантай байгаа юм.
Төрийн нарийн бичгийн дарга нь албан ёсоор жинхлэгдээгүй учраас бусад албад, хэлтсийн дарга нарын томилгоо, албан үүрэгт нь жинхлэх асуудал мөн хүлээлт үүсгэсэн байна. Тиймээс Засгийн газрын өнөөдрийн хуралдаанаар Б.Баярсайханыг тус яамны ТНБД-аар эгүүлэн томилох шийдвэрт хүрсэн байна.
Өнгөрсөн хавар буюу Ж.Эрдэнэбатын Засгийн газраас Боловсрол, соёл, шинжлэх ухаан, спортын яамны Төрийн нарийн бичгийн даргаар ажиллаж байсан Б.Баярсайханыг төрийн албанд тэнцэхгүй, төрийн албан хаагчдыг мэргэжлийн удирдлагаар хангаж ажиллаж чадаагүй зэрэг үндэслэлээр үүрэгт ажлаас нь чөлөөлсөн байдаг.
Тухайн үед Б.Баярсайхан “Миний хувьд хууль зөрчсөн ямар ч үйл ажиллагаа явуулаагүй учир нүүр бардам байна. Боловсролын салбарт мөнгөгүйгээр ч зөвхөн зохион байгуулалтын чанартайгаар олон өөрчлөлт хийх боломжтой. Гэтэл энэ бүхнийг мөнгөний ашиг сонирхлоор харсан хэсэг хүний л
явуулга боллоо. Би цаашид хандах ёстой газарт нь хандах болно. Төрийн алба гэдэг хуультай. Тэгэхээр хуулийн дагуу л асуудлыг шийдэх ёстой” гэсэн байр суурь илэрхийлж байв.
Улмаар Б.Баярсайхан Засгийн газрын дээрх шийдвэрийг эсэргүүцэж, шүүхэд хандсанаар шат шатны шүүх болон Улсын Дээд шүүх дээр хүртэл ялалт байгуулсан байдаг. Тиймээс У.Хүрэлсүхийн Засгийн газар өмнөх алдаатай шийдвэрийг залруулах зорилгоор Б.Баярсайханыг эгүүлэн томилж буй аж.